暗夜与黎明：金妍危中查毒计，少白智破敌阴谋，孟衡遇害陷迷局。
两位母亲担心金妍独自居住太过孤单，邀请她同住，但金妍坚强表示自己即将重返工作岗位，并未被父亲去世击垮。专案组开会研判伯劳去向，逐一排除香港、日本和台湾等地可能。老路指出伯劳不会轻易认输，尤其还未动用“小仓”这张关键牌——顺着这条线索或许能找到郑兰亭。
金妍向少白询问父亲临终遗言，少白如实相告。她进一步追问父亲生前是否受到社会处调查，尽管少白并未透露，金妍仍凭直觉自责未能及早察觉父亲异常。
另一边，刘贵珩手下在进行盯梢时被徐巍当场抓获。此时伯劳接到小仓消息：活体试验已成功，即将进入人体试验阶段。伯劳索性将刘贵珩手下用作实验对象。与此同时，李旭已清除金昴昌派往村庄的人员，并安全转移徐巍等人亲属。
伯劳兴奋宣布将向上海的“老朋友”送上一份“大礼”。不久，社会处每人收到一封信。老路察觉异常，紧急叫停拆信，并请金妍带领鉴定科同事前来处理。经检验，信封内藏有炭疽粉末，幸及时发现，鉴定科对办公室进行全面消杀。
按照伯劳指示，徐巍与李旭将刘贵珩蒙眼带至秘密实验地点。目睹下属孟衡满脸毒疮惨状，刘贵珩惊恐万分，立即答应协助伯劳向保密局申请经费。伯劳认为仅孟衡一例人体试验远远不够，指示徐巍和李旭继续招人，并严防公安察觉。
徐巍借机与李旭攀谈，套出赵兰藏身于嘉定普济医院附近。但一涉及具体位置，李旭便闭口不谈。伯劳很快得知两人交谈内容，警告徐巍不得松懈。此时孟衡挟持小仓出逃，伯劳大惊，急令追回。
孟衡逃入一家诊所，不断呓语“炭疽”等词，医生报警。老路、少白与金妍迅速赶到，发现孟衡已陷入昏迷。金妍推断他是炭疽病菌的人体试验对象。若其苏醒，便能问出试验基地位置。老路命少白负责安保，全力保护孟衡直至清醒。
伯劳深知抗生素治疗会让孟衡苏醒，必须灭口。他授意刘贵珩通过举报信将矛头引向公安内部。杨副收到数封举报信后，指派老路接回少白接受审查——殊不知正落入特务圈套。徐巍与李旭借机跟踪老路，找到孟衡藏匿地点。
老路带少白、金妍刚离开，徐巍便安排刘贵珩手下发起突袭。途中少白顿觉事有蹊跷，指出可能是特务调虎离山之计。老路猛然醒悟，紧急停车让金妍下车，随即与少白调头返回。但为时已晚，枪战过后孟衡已被灭口，徐巍和刘贵珩均已逃离。少白未返局里，独自外出追查刘贵珩下落。